Мы ждем ответа от скрипта контроля в течение 20 секунд. За это время он должен произвести сверку файлов сайта со слепком и сообщить нам результат.

Если на вашем сайте очень много файлов, то скрипт может не успеть отработать за это время. Тогда вам нужно изменить метод проверки или добавить в исключения типы файлов, которые не нужно проверять.

Это все делается в самом файле index.php. Откройте его для редактирования. Там есть строчка:
$i_types=array('avi','mp3','mp4','wav','jpg','png','gif','jpeg');
в ней укажите те типы файлов, которые нужно игнорировать. Вирусами заражают, в основном, файлы php, js, html - именно их нужно сканировать. А медиа файлы можно опустить. Так же сюда можно внести архивы zip, rar - если они у вас большие и занимают много места.

Чуть ниже есть параметр $m - который отвечает за метод проверки. Поэкспериментируйте с ним, чтобы время создания слепка было менее 20 секунд.

Если у вас есть файлы, которые занимают несколько десятков Мб, или даже Гб - внесите их в исключения, чтобы они не тормозили работу.