Для начала нужно определить, не меняет ли сам сайт ваши файлы. Системы управления сайтами (CMS), как правило, создают файлы кэша, промежуточные базы данных в виде файлов и т.п.

Запустите процесс контроля файлов, чтобы увидеть какие именно файлы были изменены или добавлены.

Запустите скрипт с параметром control, например
http://вашсайт.ru/папка_со_скриптом/index.php?control&nocache=XXXXXX
где XXXXXX - любые цифры, буквы, знаки и т.п. (для предотвращения кэширования работы скрипта со стороны Вашего сервера)

Если у вас изменения в одном-двух файлах, при этом это не PHP файлы, не JS файлы и не файл htaccess, то, скорее всего, эти файлы изменила система управления сайтом. Добавьте эти файлы в исключения, чтобы при следующем изменении не получать уведомлений. Как это сделать - читайте здесь.

Если же изменения произошли в файле htaccess или файлах PHP или JS, особенно конфигурационных или служебных, которые подключаются во всех остальных файлах, и при этом вы уверены, что сами ничего не меняли - значит нужно срочно проверить эти файлы на посторонние включения при помощи сканера.

Подробные инструкции читайте здесь